Logiciel de phylogénie · Windows · macOS · Linux
Phylogeny software · Windows · macOS · Linux
CladisTree construit, annote et exporte des arbres phylogénétiques. Il est prévu pour les grands jeux de données : arbres à plusieurs milliers de taxons, fiche documentaire sur chaque nœud, export en haute résolution.
CladisTree builds, annotates and exports phylogenetic trees. It is designed for large datasets: trees with thousands of taxa, a documentary record on every node, and high-resolution export.
Version … · gratuit et open source · licence MIT
Version … · free and open source · MIT licence
Mise en page
Layout
La topologie ne change pas ; seule la lecture change. On bascule d'un mode à l'autre sans retoucher les données.
The topology never changes, only the reading of it. Switch between modes without touching the data.
Branches d'égale longueur : seul l'ordre de ramification est représenté. C'est le mode standard.
Branches of equal length: only the branching order is shown. This is the standard mode.
Pour les longues séries de taxons : les feuilles s'alignent, les cadres regroupent les clades.
For long series of taxa: leaves line up and frames group the clades.
Les branches suivent les dates saisies. Datez la racine d'une famille : les divergences intermédiaires se répartissent seules.
Branches follow the dates you enter. Date the root of a family and the intermediate divergences space themselves out.
Interface
Interface
Les feuilles en bas de fenêtre découpent un grand arbre en sous-ensembles autonomes, sans jamais rompre la hiérarchie.
The sheet tabs at the bottom split a large tree into self-contained subsets without ever breaking the hierarchy.
Données
Data
Une fiche par taxon, remplie au fil du travail. Les nœuds documentés se repèrent d'un coup d'œil dans l'arbre. Le tout se compile en tableau, s'exporte en CSV, ou en fiche PDF illustrée avec le lignage complet et la période colorée.
One record per taxon, filled in as you go. Documented nodes are visible at a glance in the tree. Everything compiles into a table, exports to CSV, or to an illustrated PDF sheet with the full lineage and the coloured period band.
Ce que fait le logiciel
What the software does
Italiques, abréviation du genre (T. rex), croix des taxons éteints, comptage des espèces : appliqués sans intervention.
Italics, genus abbreviation (T. rex), the dagger on extinct taxa, species counts — all applied for you.
Monophylétiques ou paraphylétiques. Ils s'ajustent d'eux-mêmes et englobent les taxons ajoutés à l'intérieur.
Monophyletic or paraphyletic. They resize on their own and take in any taxon added inside them.
Un clade devient une feuille à part, navigable par un fil d'Ariane, sans casser la hiérarchie d'ensemble.
A clade becomes its own sheet, reachable through a breadcrumb, without breaking the overall hierarchy.
Reprenez une arborescence existante au lieu de la ressaisir. Glissez le fichier dans la fenêtre.
Bring in an existing outline instead of retyping it. Drop the file onto the window.
Clair, sombre, sépia, InGen. Police, corps, couleur et pictogramme réglables nœud par nœud.
Light, dark, sepia, InGen. Font, size, colour and icon adjustable node by node.
PNG et SVG jusqu'à la résolution d'impression, PDF avec les fiches, CSV pour le tableur.
PNG and SVG up to print resolution, PDF with the records, CSV for spreadsheets.
Crédit
Credit
CladisTree est gratuit et le restera. Si une de vos figures a été produite avec, le mentionner dans la légende fait toujours plaisir — et c'est à peu près le seul moyen qu'a l'outil de se faire connaître. Une ligne suffit, aucune formule imposée.
CladisTree is free and will stay that way. If one of your figures was produced with it, a mention in the caption is always appreciated — and it is about the only way the tool gets known. One line is enough; no set formula.
Figure réalisée avec CladisTree (N. Ennasri).
Figure made with CladisTree (N. Ennasri).
Aucune obligation : la licence MIT n'exige rien de tel. C'est une demande, pas une condition.
Not a requirement: the MIT licence asks for nothing of the sort. This is a request, not a condition.
Contact
Contact
Pour une suggestion, une question d'utilisation, ou simplement pour montrer une figure produite avec l'outil, écrivez-moi directement.
For a suggestion, a question about using the tool, or simply to show a figure you produced with it, write to me directly.
Pour signaler un bogue, les issues GitHub sont préférables : le problème reste visible et profite aux autres utilisateurs.
To report a bug, GitHub issues work better: the problem stays visible and benefits other users.
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